El programa del Doctorado en Ciencias en Biotecnología se estructuró para ser un programa líder en investigación y desarrollo en el área; tiene como objetivo formar investigadores altamente capacitados que puedan incorporarse al sector productivo o académico del país para satisfacer las necesidades de la sociedad mexicana. Este programa fomenta el establecimiento de vínculos de cooperación con otras áreas de docencia e investigación tanto del IPN como de otras instituciones y organismos.